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ＤＮＡの清浄さの測定（260/280ratio） |
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ＤＮＡやＲＮＡは260 nmの吸光度を測定することで量（濃度）を算出することができる。260nmと280
nmの比率が純度の指標になる。260 nmの吸光度はA260またはOD260と表される。二本鎖ＤＮＡは260 nmの吸光度1が約50 μg/mlに相当し，一本鎖ＤＮＡおよＲＮＡは260
nmの吸光度1が約33 μg/mlに相当する。この数値を基に核酸の濃度を概することができる。 |
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※ 実際には核酸を構成している塩基（A, G, C, T）の各々の吸光度と組成が異なるめ，特に短いＤＮＡでは組成まで考える必要がある。 |
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核酸の純度に関して，タンパク質の吸光を示す280 nmの吸光度との比率（A260/A280を算出することで，およその核酸の純度を知ることができる。通常，きれいにＤＮＡがれた場合のA260/A280は1.8〜2.0を示す。これよりも低い場合はA280の値が高く，タンパク質またはフェノールの混入が考えられます。図２の場合，A260=0.66,A280=0.51より A260/A280=1.3となり，まだまだタンパク質の混入していることが考えられる。 |
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※ 純度を上げるべきであると判断した場合，ＤＮＡの抽出（核酸の抽出）過程のフェノールによる変性作業からもう一度繰り返すことによって，徐々にタンパク質が除去されていく。 |
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図３に -ａ抽出から，-bフェノール／クロロフォルム処理，-cエタノール沈殿を経るとＤＮＡの純度が上がっていく様子を示す。 |
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図３-ａ 抽出バッファーによる抽出物を遠心分離後の上清の吸収スペクトル |
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図３-ｂ １回目の chloroformによる不純物の除去後の上清の吸収スペクトル |
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図３-ｃ 「エタノール沈殿」後の沈殿物をTE Buffer に溶解した溶液の吸収スペクトル |
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